温州医科大学体育科学部认真贯彻党的教育方针，以落实“立德树人”为根本任务，切实提高学生体质健康水平，培养学生树立“运动是良医，健康是责任”的体育教育观念。学校拥有重视体育教育的优良传统，曾于1993年，2002年两次承办浙江省第八届、第十一届大学生田径运动会；2004年被浙江省教育厅授予“高等学校体育贡献奖”；2007年在浙江省高校体育工作条例评估中被评为A级；2019年、2023年分别获浙江省第十五届、十六届大学生运动会“校长杯”。

体育科学部是学校二级学院，是学校体育运动委员会常设工作机构。随着温州医科大学的发展历程，1958年学校从浙江医学院分迁至温州成立了体育教学组，1997年成立体育部，2007年成立体育科学学院，2006年至2016年共培养了十届300余名运动人体科学专业本科学生。2019年随着学校机构调整，从体育科学学院改成体育科学部，建立体育科学部党总支。2023年12月，因学校机构设置调整，撤销中共温州医科大学体育科学部总支部委员会，成立中共温州医科大学体育科学部委员会。